c a r g o   :   w a r n i n g :   v a r i a b l e   d o e s   n o t   n e e d   t o   b e   m u t a b l e 
 
 A t   l i n e : 1   c h a r : 1 
 
 +   c a r g o   t e s t   - - l i b   - - r e l e a s e   2 > & 1   >   t e s t _ r e s u l t s _ f i n a l . t x t ;   G e t - C o n t e n t   . . . 
 
 +   ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ 
 
         +   C a t e g o r y I n f o                     :   N o t S p e c i f i e d :   ( w a r n i n g :   v a r i a b . . . d   t o   b e   m u t a b l e   
 
       : S t r i n g )   [ ] ,   R e m o t e E x c e p t i o n 
 
         +   F u l l y Q u a l i f i e d E r r o r I d   :   N a t i v e C o m m a n d E r r o r 
 
   
 
       - - >   s r c \ a l i g n m e n t \ h m m e r 3 _ p a r s e r . r s : 5 8 8 : 1 3 
 
         | 
 
 5 8 8   |                   l e t   m u t   m o d e l   =   H m m e r M o d e l   { 
 
         |                           - - - - ^ ^ ^ ^ ^ 
 
         |                           | 
 
         |                           h e l p :   r e m o v e   t h i s   ` m u t ` 
 
         | 
 
         =   n o t e :   ` # [ w a r n ( u n u s e d _ m u t ) ] `   ( p a r t   o f   ` # [ w a r n ( u n u s e d ) ] ` )   o n   b y   d e f a u l t 
 
 
 
 w a r n i n g :   v a r i a b l e   d o e s   n o t   n e e d   t o   b e   m u t a b l e 
 
       - - >   s r c \ a l i g n m e n t \ s i m d _ v i t e r b i . r s : 9 8 3 : 1 3 
 
         | 
 
 9 8 3   |                   l e t   m u t   d e c o d e r   =   V i t e r b i D e c o d e r : : n e w _ d u m m y ( ) ; 
 
         |                           - - - - ^ ^ ^ ^ ^ ^ ^ 
 
         |                           | 
 
         |                           h e l p :   r e m o v e   t h i s   ` m u t ` 
 
 
 
 w a r n i n g :   u n u s e d   v a r i a b l e :   ` a 2 ` 
 
       - - >   s r c \ a l i g n m e n t \ g p u _ m e m o r y . r s : 3 4 3 : 1 3 
 
         | 
 
 3 4 3   |                   l e t   a 2   =   p o o l . a l l o c a t e ( 1 0 0 0 ) . u n w r a p ( ) ; 
 
         |                           ^ ^   h e l p :   i f   t h i s   i s   i n t e n t i o n a l ,   p r e f i x   i t   w i t h   a n   
 
 u n d e r s c o r e :   ` _ a 2 ` 
 
         | 
 
         =   n o t e :   ` # [ w a r n ( u n u s e d _ v a r i a b l e s ) ] `   ( p a r t   o f   ` # [ w a r n ( u n u s e d ) ] ` )   o n   b y   
 
 d e f a u l t 
 
 
 
 w a r n i n g :   u n u s e d   v a r i a b l e :   ` b a c k e n d ` 
 
       - - >   s r c \ f u t u r e s \ g p u _ j i t _ c o m p i l e r . r s : 1 1 1 : 2 3 
 
         | 
 
 1 1 1   |           f n   v e r i f y _ b a c k e n d ( b a c k e n d :   G p u B a c k e n d )   - >   R e s u l t < ( ) >   { 
 
         |                                               ^ ^ ^ ^ ^ ^ ^   h e l p :   i f   t h i s   i s   i n t e n t i o n a l ,   p r e f i x   i t   
 
 w i t h   a n   u n d e r s c o r e :   ` _ b a c k e n d ` 
 
 
 
 w a r n i n g :   c o m p a r i s o n   i s   u s e l e s s   d u e   t o   t y p e   l i m i t s 
 
       - - >   s r c \ f u t u r e s \ t r e e _ r e f i n e m e n t . r s : 2 9 7 : 1 7 
 
         | 
 
 2 9 7   |                   a s s e r t ! ( i m p r o v e m e n t s   > =   0 ) ; 
 
         |                                   ^ ^ ^ ^ ^ ^ ^ ^ ^ ^ ^ ^ ^ ^ ^ ^ ^ 
 
         | 
 
         =   n o t e :   ` # [ w a r n ( u n u s e d _ c o m p a r i s o n s ) ] `   o n   b y   d e f a u l t 
 
 
 
 w a r n i n g :   c o m p a r i s o n   i s   u s e l e s s   d u e   t o   t y p e   l i m i t s 
 
       - - >   s r c \ f u t u r e s \ t r e e _ r e f i n e m e n t . r s : 3 2 8 : 1 7 
 
         | 
 
 3 2 8   |                   a s s e r t ! ( i m p r o v e m e n t s   > =   0 ) ; 
 
         |                                   ^ ^ ^ ^ ^ ^ ^ ^ ^ ^ ^ ^ ^ ^ ^ ^ ^ 
 
 
 
 w a r n i n g :   c o m p a r i s o n   i s   u s e l e s s   d u e   t o   t y p e   l i m i t s 
 
       - - >   s r c \ f u t u r e s \ t r e e _ r e f i n e m e n t . r s : 3 6 0 : 1 7 
 
         | 
 
 3 6 0   |                   a s s e r t ! ( i m p r o v e m e n t s   > =   0 ) ; 
 
         |                                   ^ ^ ^ ^ ^ ^ ^ ^ ^ ^ ^ ^ ^ ^ ^ ^ ^ 
 
 
 
 w a r n i n g :   c o m p a r i s o n   i s   u s e l e s s   d u e   t o   t y p e   l i m i t s 
 
       - - >   s r c \ f u t u r e s \ p h y l o g e n y _ p a r s i m o n y . r s : 3 7 7 : 1 7 
 
         | 
 
 3 7 7   |                   a s s e r t ! ( c o s t   > =   0 ) ; 
 
         |                                   ^ ^ ^ ^ ^ ^ ^ ^ ^ 
 
 
 
 w a r n i n g :   ` o m i c s - s i m d `   ( l i b   t e s t )   g e n e r a t e d   8   w a r n i n g s   ( r u n   ` c a r g o   f i x   - - l i b   - p   
 
 o m i c s - s i m d   - - t e s t s `   t o   a p p l y   4   s u g g e s t i o n s ) 
 
         F i n i s h e d   ` r e l e a s e `   p r o f i l e   [ o p t i m i z e d ]   t a r g e t ( s )   i n   0 . 0 7 s 
 
           R u n n i n g   u n i t t e s t s   s r c \ l i b . r s   
 
 ( t a r g e t \ r e l e a s e \ d e p s \ o m i c s _ s i m d - e 1 0 d 7 e b e b d e 7 1 9 e b . e x e ) 
 
 
 
 r u n n i n g   2 4 7   t e s t s 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : b a m : : t e s t s : : t e s t _ b a m _ f i l e _ c r e a t i o n   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : b a m : : t e s t s : : t e s t _ b a m _ s e r i a l i z a t i o n   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : b a m : : t e s t s : : t e s t _ v a l i d _ u t f 8 _ r o u n d t r i p   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : b a m : : t e s t s : : t e s t _ i n v a l i d _ u t f 8 _ i n _ b a m _ h e a d e r   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : b a m : : t e s t s : : t e s t _ i n v a l i d _ u t f 8 _ i n _ r e a d _ n a m e   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : c i g a r _ g e n : : t e s t s : : t e s t _ c i g a r _ p a r s i n g   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : b a m : : t e s t s : : t e s t _ c i g a r _ f o r m a t t i n g   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : c i g a r _ g e n : : t e s t s : : t e s t _ c i g a r _ g e n e r a t i o n   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : c i g a r _ g e n : : t e s t s : : t e s t _ c i g a r _ l e n g t h s   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : c i g a r _ g e n : : t e s t s : : t e s t _ h m m _ c i g a r _ g e n e r a t i o n   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : b a m : : t e s t s : : t e s t _ i n v a l i d _ u t f 8 _ i n _ r e f e r e n c e _ n a m e   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : g p u _ m e m o r y : : t e s t s : : t e s t _ h o s t _ d e v i c e _ t r a n s f e r   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : c u d a _ k e r n e l s : : t e s t s : : t e s t _ s h a r e d _ m e m o r y _ s i z e   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : c u d a _ k e r n e l s : : t e s t s : : t e s t _ t i m e _ e s t i m a t i o n   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : b a t c h : : t e s t s : : t e s t _ b a t c h _ w i t h _ b a n d w i d t h   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : c u d a _ r u n t i m e : : t e s t s : : t e s t _ d e v i c e _ d e t e c t i o n   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : b a t c h : : t e s t s : : t e s t _ b a t c h _ n e e d l e m a n _ w u n s c h   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : b a t c h : : t e s t s : : t e s t _ b a t c h _ s m i t h _ w a t e r m a n   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : g p u _ d i s p a t c h e r : : t e s t s : : t e s t _ g p u _ d i s p a t c h e r _ c r e a t i o n   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : b a t c h : : t e s t s : : t e s t _ b a t c h _ f i l t e r _ b y _ s c o r e   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : b a m : : t e s t s : : t e s t _ s e q u e n c e _ e n c o d i n g   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : g p u _ d i s p a t c h e r : : t e s t s : : t e s t _ g p u _ m e m o r y _ e s t i m a t i o n   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : g p u _ d i s p a t c h e r : : t e s t s : : t e s t _ o p t i m i z a t i o n _ h i n t s   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : g p u _ d i s p a t c h e r : : t e s t s : : t e s t _ s p e e d u p _ f a c t o r s   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : g p u _ k e r n e l s : : t e s t s : : t e s t _ g p u _ c o n f i g _ d e f a u l t   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : g p u _ k e r n e l s : : t e s t s : : t e s t _ m e m o r y _ p o o l   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : b a m : : t e s t s : : t e s t _ c i g a r _ p a r s i n g   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : g p u _ k e r n e l s : : t e s t s : : t e s t _ m u l t i _ g p u _ d i s t r i b u t i o n   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : g p u _ m e m o r y : : t e s t s : : t e s t _ f r a g m e n t a t i o n   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : c u d a _ k e r n e l s : : t e s t s : : t e s t _ g r i d _ c a l c u l a t i o n   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : c u d a _ k e r n e l s : : t e s t s : : t e s t _ k e r n e l _ c o n f i g   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : c u d a _ k e r n e l s : : t e s t s : : t e s t _ m u l t i _ g p u _ b a t c h   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : c u d a _ k e r n e l s : : t e s t s : : t e s t _ c u d a _ c o m p u t e _ c a p a b i l i t y   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : h m m e r 3 _ p a r s e r : : t e s t s : : t e s t _ p a r s e _ e r r o r _ i n v a l i d _ n u m e r i c _ s c o r e   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : g p u _ d i s p a t c h e r : : t e s t s : : t e s t _ a l i g n m e n t _ s t r a t e g y _ s e l e c t i o n   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : g p u _ m e m o r y : : t e s t s : : t e s t _ m e m o r y _ d e a l l o c a t i o n   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : g p u _ m e m o r y : : t e s t s : : t e s t _ m e m o r y _ p o o l _ a l l o c a t i o n   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : k e r n e l : : a v x 2 : : t e s t s : : t e s t _ a v x 2 _ s m i t h _ w a t e r m a n _ f a l l b a c k   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : h m m e r 3 _ p a r s e r : : t e s t s : : t e s t _ e v a l u e _ c a l c u l a t i o n   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : h m m e r 3 _ p a r s e r : : t e s t s : : t e s t _ h m m e r _ m o d e l _ c r e a t i o n   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : h m m e r 3 _ p a r s e r : : t e s t s : : t e s t _ h m m e r _ m o d e l _ n u l l _ m o d e l _ n o r m a l i z a t i o n   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : k e r n e l : : b a n d e d : : t e s t s : : t e s t _ b a n d e d _ s w _ s i m i l a r _ s e q u e n c e s   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : h m m e r 3 _ p a r s e r : : t e s t s : : t e s t _ k a r l i n _ p a r a m e t e r s   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : h m m e r 3 _ p a r s e r : : t e s t s : : t e s t _ p a r s e _ e r r o r _ s p e c i a l _ s c o r e s   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : g p u _ m e m o r y : : t e s t s : : t e s t _ m u l t i l e v e l _ g p u _ m e m o r y   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : k e r n e l : : b a n d e d : : t e s t s : : t e s t _ b a n d e d _ f a l l b a c k _ d i f f e r e n t _ l e n g t h s   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : k e r n e l : : b a n d e d : : t e s t s : : t e s t _ b a n d e d _ n w _ s i m i l a r _ s e q u e n c e s   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : k e r n e l : : h m m _ s i m d : : t e s t s : : t e s t _ b a c k w a r d _ a l g o r i t h m   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : k e r n e l : : h m m _ s i m d : : t e s t s : : t e s t _ b a u m _ w e l c h _ c o n v e r g e n c e   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : k e r n e l : : h m m _ s i m d : : t e s t s : : t e s t _ b a u m _ w e l c h _ i t e r a t i o n   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : h m m e r 3 _ p a r s e r : : t e s t s : : t e s t _ k a r l i n _ e v a l u e _ b o u n d s   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : k e r n e l : : h m m _ s i m d : : t e s t s : : t e s t _ f o r w a r d _ s c o r e _ r a n g e   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : k e r n e l : : h m m _ s i m d : : t e s t s : : t e s t _ f o r w a r d _ a l g o r i t h m   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : k e r n e l : : h m m _ s i m d : : t e s t s : : t e s t _ e m p t y _ s e q u e n c e _ e r r o r   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : k e r n e l : : h m m _ s i m d : : t e s t s : : t e s t _ l o g s u m e x p _ e x t r e m e _ v a l u e s   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : k e r n e l : : h m m _ s i m d : : t e s t s : : t e s t _ l o g s u m e x p _ z e r o _ v a l u e s   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : k e r n e l : : h m m _ s i m d : : t e s t s : : t e s t _ l o g s u m e x p _ s t a b i l i t y   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : h m m e r 3 _ p a r s e r : : t e s t s : : t e s t _ r e g e x _ c o m p i l a t i o n _ s a f e t y   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : k e r n e l : : h m m _ s i m d : : t e s t s : : t e s t _ f o r w a r d _ b a c k w a r d _ c o n s i s t e n c y   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : k e r n e l : : h m m _ s i m d : : t e s t s : : t e s t _ l o n g _ s e q u e n c e   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : k e r n e l : : h m m _ s i m d : : t e s t s : : t e s t _ m u l t i p l e _ s e q u e n c e _ a l i g n m e n t   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : k e r n e l : : h m m _ s i m d : : t e s t s : : t e s t _ s i n g l e _ a m i n o _ a c i d   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : k e r n e l : : h m m _ s i m d : : t e s t s : : t e s t _ v i t e r b i _ a l l _ a m i n o _ a c i d s   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : k e r n e l : : h m m _ s i m d : : t e s t s : : t e s t _ v i t e r b i _ b a c k t r a c k   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : k e r n e l : : h m m _ s i m d : : t e s t s : : t e s t _ v i t e r b i _ d i f f e r e n t _ p a t h s   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : k e r n e l : : h m m _ s i m d : : t e s t s : : t e s t _ v i t e r b i _ s i m p l e   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : k e r n e l : : m s a _ s i m d : : t e s t s : : t e s t _ b a t c h _ p r o f i l e _ s c o r i n g   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : k e r n e l : : m s a _ s i m d : : t e s t s : : t e s t _ d i r i c h l e t _ p r i o r   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : k e r n e l : : m s a _ s i m d : : t e s t s : : t e s t _ d i r i c h l e t _ p r i o r _ a p p l i c a t i o n   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : k e r n e l : : m s a _ s i m d : : t e s t s : : t e s t _ e d g e _ c a s e _ i n v a l i d _ a l i g n m e n t   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : k e r n e l : : m s a _ s i m d : : t e s t s : : t e s t _ e d g e _ c a s e _ i n v a l i d _ b a c k g r o u n d   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : k e r n e l : : m s a _ s i m d : : t e s t s : : t e s t _ e m p t y _ a l i g n m e n t _ e r r o r   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : k e r n e l : : m s a _ s i m d : : t e s t s : : t e s t _ e n t r o p y _ c o m p u t a t i o n   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : k e r n e l : : m s a _ s i m d : : t e s t s : : t e s t _ e n t r o p y _ c o n s e r v a t i o n   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : k e r n e l : : m s a _ s i m d : : t e s t s : : t e s t _ e n t r o p y _ d i v e r g e n c e   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : k e r n e l : : m s a _ s i m d : : t e s t s : : t e s t _ h e n i k o f f _ w e i g h t s   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : k e r n e l : : m s a _ s i m d : : t e s t s : : t e s t _ k l _ d i v e r g e n c e   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : k e r n e l : : m s a _ s i m d : : t e s t s : : t e s t _ l o n g _ a l i g n m e n t   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : k e r n e l : : m s a _ s i m d : : t e s t s : : t e s t _ p r o f i l e _ a l i g n m e n t _ m u l t i p l e _ s e q u e n c e s   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : k e r n e l : : m s a _ s i m d : : t e s t s : : t e s t _ p r o f i l e _ s c o r i n g   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : k e r n e l : : m s a _ s i m d : : t e s t s : : t e s t _ p s s m _ c o n s t r u c t i o n   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : k e r n e l : : m s a _ s i m d : : t e s t s : : t e s t _ p s s m _ d i v e r s e _ a l i g n m e n t   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : k e r n e l : : m s a _ s i m d : : t e s t s : : t e s t _ p s s m _ i d e n t i c a l _ s e q u e n c e s   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : k e r n e l : : m s a _ s i m d : : t e s t s : : t e s t _ p s s m _ s c o r e _ r a n g e   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : k e r n e l : : m s a _ s i m d : : t e s t s : : t e s t _ p s s m _ s i n g l e _ s e q u e n c e   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : k e r n e l : : m s a _ s i m d : : t e s t s : : t e s t _ s c o r e _ f r e q u e n c y   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : k e r n e l : : s c a l a r : : t e s t s : : t e s t _ s m i t h _ w a t e r m a n _ s c a l a r   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : k e r n e l : : s t r i p e d _ s i m d : : t e s t s : : t e s t _ n e e d l e m a n _ w u n s c h _ s t r i p e d   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : k e r n e l : : s t r i p e d _ s i m d : : t e s t s : : t e s t _ s m i t h _ w a t e r m a n _ s t r i p e d _ e m p t y   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : k e r n e l : : s t r i p e d _ s i m d : : t e s t s : : t e s t _ s m i t h _ w a t e r m a n _ s t r i p e d _ m a t c h   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : k e r n e l : : s t r i p e d _ s i m d : : t e s t s : : t e s t _ s m i t h _ w a t e r m a n _ s t r i p e d _ s i n g l e   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : k e r n e l : : s t r i p e d _ s i m d : : t e s t s : : t e s t _ s t r i p e d _ v s _ s c a l a r _ c o n s i s t e n c y   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : k e r n e l _ c o m p i l e r : : t e s t s : : t e s t _ c o m p i l e r _ c r e a t i o n   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : k e r n e l _ c o m p i l e r : : t e s t s : : t e s t _ k e r n e l _ c a c h e   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : k e r n e l _ c o m p i l e r : : t e s t s : : t e s t _ k e r n e l _ t y p e _ n a m e s   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : k e r n e l _ c o m p i l e r : : t e s t s : : t e s t _ s o u r c e _ h a s h   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : p r o f i l e _ d p : : t e s t s : : t e s t _ p r o f i l e _ a l i g n m e n t   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : p r o f i l e _ d p : : t e s t s : : t e s t _ p s s m _ c r e a t i o n   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : p r o f i l e _ d p : : t e s t s : : t e s t _ p r o f i l e _ s i m i l a r i t y   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : s i m d _ v i t e r b i : : t e s t s : : t e s t _ b a c k t r a c k _ g e n e r a t i o n   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : s i m d _ v i t e r b i : : t e s t s : : t e s t _ d e c o d e r _ h a s _ g p u _ f i e l d   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : s i m d _ v i t e r b i : : t e s t s : : t e s t _ v i t e r b i _ d e c o d e r _ c r e a t i o n   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : s i m d _ v i t e r b i : : t e s t s : : t e s t _ g p u _ d i s p a t c h e r _ i n i t i a l i z a t i o n   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : t e s t s : : t e s t _ a l i g n m e n t _ c i g a r _ g e n e r a t i o n   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : t e s t s : : t e s t _ a l i g n m e n t _ r e s u l t _ i d e n t i t y   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : t e s t s : : t e s t _ c i g a r _ c o a l e s c e   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : t e s t s : : t e s t _ c i g a r _ l e n g t h s   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : t e s t s : : t e s t _ c i g a r _ o p e r a t i o n s   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : t e s t s : : t e s t _ s a m _ h e a d e r _ g e n e r a t i o n   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : t e s t s : : t e s t _ s a m _ r e c o r d _ c r e a t i o n   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : t e s t s : : t e s t _ s a m _ r e c o r d _ f r o m _ a l i g n m e n t   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : t e s t s : : t e s t _ s a m _ r e c o r d _ t o _ l i n e   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : t e s t s : : t e s t _ s m i t h _ w a t e r m a n   . . .   o k 
 
 t e s t   a l i g n m e n t : : t e s t s : : t e s t _ s m i t h _ w a t e r m a n _ w i t h _ c i g a r   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : c l i _ f i l e _ i o : : t e s t s : : t e s t _ b a t c h _ p r o c e s s o r _ c r e a t i o n   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : c l i _ f i l e _ i o : : t e s t s : : t e s t _ b a t c h _ p r o c e s s o r _ w i t h _ f i l t e r   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : c l i _ f i l e _ i o : : t e s t s : : t e s t _ p a r s e _ f a s t a _ h e a d e r   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : c l i _ f i l e _ i o : : t e s t s : : t e s t _ f i l e _ f o r m a t _ d e t e c t i o n   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : c l i _ f i l e _ i o : : t e s t s : : t e s t _ p a r s e _ f a s t q _ h e a d e r   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : c l i _ f i l e _ i o : : t e s t s : : t e s t _ s e q _ r e c o r d _ c r e a t i o n   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : f o r m a t s : : t e s t s : : t e s t _ b l a s t _ j s o n _ e x p o r t   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : c l i _ f i l e _ i o : : t e s t s : : t e s t _ s e q _ r e c o r d _ h e a d e r   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : f o r m a t s : : t e s t s : : t e s t _ b l a s t _ j s o n _ t o _ t a b u l a r   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : f o r m a t s : : t e s t s : : t e s t _ b l a s t _ x m l _ e x p o r t   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : f o r m a t s : : t e s t s : : t e s t _ b l a s t _ t a b u l a r _ e x p o r t   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : f o r m a t s : : t e s t s : : t e s t _ f a s t a _ e x p o r t   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : f o r m a t s : : t e s t s : : t e s t _ f a s t a _ w r a p p i n g   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : f o r m a t s : : t e s t s : : t e s t _ g f f 3 _ i n v a l i d _ c o o r d i n a t e s   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : f o r m a t s : : t e s t s : : t e s t _ g f f 3 _ l i n e _ f o r m a t   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : f o r m a t s : : t e s t s : : t e s t _ g f f 3 _ r e c o r d _ c r e a t i o n   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : g p u : : t e s t s : : t e s t _ c u d a _ d e v i c e _ c r e a t i o n   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : g p u : : t e s t s : : t e s t _ c u d a _ d e v i c e _ d e t e c t i o n   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : g p u : : t e s t s : : t e s t _ d a t a _ t r a n s f e r _ s i z e _ m i s m a t c h   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : g p u : : t e s t s : : t e s t _ d a t a _ t r a n s f e r _ t o _ g p u   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : g p u : : t e s t s : : t e s t _ d e v i c e _ c r e a t i o n _ p r o d u c e s _ u n i q u e _ i d s   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : g p u : : t e s t s : : t e s t _ g p u _ m e m o r y _ a l l o c a t i o n   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : g p u : : t e s t s : : t e s t _ h i p _ d e v i c e _ c r e a t i o n   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : g p u : : t e s t s : : t e s t _ m u l t i _ g p u _ e x e c u t i o n   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : g p u : : t e s t s : : t e s t _ g p u _ m e m o r y _ z e r o _ a l l o c a t i o n   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : g p u : : t e s t s : : t e s t _ m u l t i p l e _ m e m o r y _ a l l o c a t i o n s   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : g p u : : t e s t s : : t e s t _ n e e d l e m a n _ w u n s c h _ g p u _ k e r n e l   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : g p u : : t e s t s : : t e s t _ s m i t h _ w a t e r m a n _ e m p t y _ s e q u e n c e s   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : g p u : : t e s t s : : t e s t _ s m i t h _ w a t e r m a n _ g p u _ k e r n e l   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : g p u : : t e s t s : : t e s t _ v u l k a n _ d e v i c e _ c r e a t i o n   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : g p u _ j i t _ c o m p i l e r : : t e s t s : : t e s t _ c a c h e _ k e y _ g e n e r a t i o n   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : g p u _ j i t _ c o m p i l e r : : t e s t s : : t e s t _ c o m p i l a t i o n _ o p t i o n s   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : g p u _ j i t _ c o m p i l e r : : t e s t s : : t e s t _ j i t _ c o m p i l e r _ c r e a t i o n   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : g p u _ j i t _ c o m p i l e r : : t e s t s : : t e s t _ k e r n e l _ t e m p l a t e s   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : h m m : : t e s t s : : t e s t _ b a c k w a r d _ a l g o r i t h m   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : h m m : : t e s t s : : t e s t _ d o m a i n _ d e t e c t i o n   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : h m m : : t e s t s : : t e s t _ f o r w a r d _ a l g o r i t h m   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : h m m : : t e s t s : : t e s t _ b a u m _ w e l c h _ t r a i n i n g   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : h m m : : t e s t s : : t e s t _ f o r w a r d _ b a c k w a r d   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : h m m : : t e s t s : : t e s t _ h m m _ f r o m _ m s a   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : h m m : : t e s t s : : t e s t _ p f a m _ l o a d i n g   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : h m m : : t e s t s : : t e s t _ e v a l u e _ c o m p u t a t i o n   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : h m m : : t e s t s : : t e s t _ v i t e r b i _ a l g o r i t h m   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : h m m e r 3 _ f u l l _ p a r s e r : : t e s t s : : t e s t _ d a t a b a s e _ i n s e r t i o n   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : h m m e r 3 _ f u l l _ p a r s e r : : t e s t s : : t e s t _ d a t a b a s e _ l o o k u p   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : h m m e r 3 _ f u l l _ p a r s e r : : t e s t s : : t e s t _ e m i s s i o n _ m a t r i x _ p a r s i n g   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : h m m e r 3 _ f u l l _ p a r s e r : : t e s t s : : t e s t _ h m m e r 3 _ d a t a b a s e _ c r e a t i o n   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : h m m e r 3 _ f u l l _ p a r s e r : : t e s t s : : t e s t _ m o d e l _ c r e a t i o n   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : h m m e r 3 _ f u l l _ p a r s e r : : t e s t s : : t e s t _ m o d e l _ n a m e s   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : h m m e r 3 _ f u l l _ p a r s e r : : t e s t s : : t e s t _ p s s m _ g e n e r a t i o n   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : h m m e r 3 _ f u l l _ p a r s e r : : t e s t s : : t e s t _ t h r e s h o l d _ c h e c k i n g   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : m a t r i c e s : : t e s t s : : t e s t _ g o n n e t _ l o a d i n g   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : m a t r i c e s : : t e s t s : : t e s t _ h o x d _ v a r i a n t s   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : m a t r i c e s : : t e s t s : : t e s t _ m a t r i x _ v a l i d a t i o n _ g o n n e t   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : m a t r i c e s : : t e s t s : : t e s t _ m a t r i x _ s y m m e t r y _ p a m 4 0   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : m a t r i c e s : : t e s t s : : t e s t _ i n v a l i d _ m a t r i x _ d i m e n s i o n s   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : m a t r i c e s : : t e s t s : : t e s t _ m a t r i x _ v a l i d a t i o n _ p a m 7 0   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : m a t r i c e s : : t e s t s : : t e s t _ p a m 4 0 _ l o a d i n g   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : m a t r i c e s : : t e s t s : : t e s t _ p a m 7 0 _ l o a d i n g   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : m a t r i c e s : : t e s t s : : t e s t _ p a m _ v a r i a n t _ l o a d i n g   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : m s a : : t e s t s : : t e s t _ a l i g n _ t o _ p r o f i l e   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : m s a : : t e s t s : : t e s t _ c o n s e n s u s _ g e n e r a t i o n   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : m s a : : t e s t s : : t e s t _ c o n s e r v a t i o n _ s c o r i n g   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : m s a : : t e s t s : : t e s t _ d i s t a n c e _ m a t r i x _ c o m p u t a t i o n   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : m s a : : t e s t s : : t e s t _ g u i d e _ t r e e _ c o n s t r u c t i o n   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : m s a : : t e s t s : : t e s t _ p r o f i l e _ b u i l d i n g   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : m s a : : t e s t s : : t e s t _ p r o g r e s s i v e _ m s a   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : m s a _ p r o f i l e _ a l i g n m e n t : : t e s t s : : t e s t _ c o n s e n s u s _ c o m p u t a t i o n   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : m s a _ p r o f i l e _ a l i g n m e n t : : t e s t s : : t e s t _ g a p _ i d e n t i f i c a t i o n   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : m s a _ p r o f i l e _ a l i g n m e n t : : t e s t s : : t e s t _ h e n i k o f f _ w e i g h t s   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : m s a _ p r o f i l e _ a l i g n m e n t : : t e s t s : : t e s t _ p i p e l i n e _ c r e a t i o n   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : m s a _ p r o f i l e _ a l i g n m e n t : : t e s t s : : t e s t _ p r o f i l e _ t o _ s e q u e n c e _ a l i g n m e n t   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : m s a _ p r o f i l e _ a l i g n m e n t : : t e s t s : : t e s t _ p r o f i l e _ t o _ p r o f i l e _ a l i g n m e n t   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : p f a m : : t e s t s : : t e s t _ b i t _ s c o r e _ c a l c u l a t i o n   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : p f a m : : t e s t s : : t e s t _ e v a l u e _ c a l c u l a t i o n   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : p f a m : : t e s t s : : t e s t _ e v a l u e _ s t a t s _ p r o t e i n   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : p f a m : : t e s t s : : t e s t _ p f a m _ d a t a b a s e _ c r e a t i o n   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : p f a m : : t e s t s : : t e s t _ p v a l u e _ c a l c u l a t i o n   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : p h y l o g e n y : : t e s t s : : t e s t _ a n c e s t r a l _ r e c o n s t r u c t i o n   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : p h y l o g e n y : : t e s t s : : t e s t _ b o o t s t r a p _ a n a l y s i s   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : p h y l o g e n y : : t e s t s : : t e s t _ c o m p u t e _ p h y l o g e n e t i c _ d i s t a n c e s   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : p h y l o g e n y : : t e s t s : : t e s t _ m a x i m u m _ l i k e l i h o o d   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : p h y l o g e n y : : t e s t s : : t e s t _ m a x i m u m _ p a r s i m o n y   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : p h y l o g e n y : : t e s t s : : t e s t _ n e i g h b o r _ j o i n i n g   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : p h y l o g e n y : : t e s t s : : t e s t _ n e w i c k _ f o r m a t   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : p h y l o g e n y : : t e s t s : : t e s t _ r o o t i n g _ t r e e   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : p h y l o g e n y : : t e s t s : : t e s t _ t r e e _ b u i l d e r   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : p h y l o g e n y : : t e s t s : : t e s t _ t r e e _ s t a t i s t i c s   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : p h y l o g e n y : : t e s t s : : t e s t _ u p g m a _ t r e e _ b u i l d i n g   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : p h y l o g e n y _ l i k e l i h o o d : : t e s t s : : t e s t _ l i k e l i h o o d _ b u i l d e r _ c r e a t i o n   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : p h y l o g e n y _ l i k e l i h o o d : : t e s t s : : t e s t _ n n i _ c o n v e r g e n c e   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : p h y l o g e n y _ l i k e l i h o o d : : t e s t s : : t e s t _ s p r _ c o n v e r g e n c e   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : p h y l o g e n y _ l i k e l i h o o d : : t e s t s : : t e s t _ t o p o l o g y _ s e a r c h _ r e s u l t _ c r e a t i o n   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : p h y l o g e n y _ l i k e l i h o o d : : t e s t s : : t e s t _ t r e e _ n o d e _ c r e a t i o n   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : p h y l o g e n y _ p a r s i m o n y : : t e s t s : : t e s t _ a m b i g u o u s _ s t a t e s   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : p h y l o g e n y _ p a r s i m o n y : : t e s t s : : t e s t _ c h a r _ s t a t e _ c r e a t i o n   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : p h y l o g e n y _ p a r s i m o n y : : t e s t s : : t e s t _ c h a r _ s t a t e _ t r a n s i t i o n   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : p h y l o g e n y _ p a r s i m o n y : : t e s t s : : t e s t _ p a r s i m o n y _ s c o r i n g   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : p h y l o g e n y _ p a r s i m o n y : : t e s t s : : t e s t _ p a r s i m o n y _ t r e e _ b u i l d e r   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : p h y l o g e n y _ p a r s i m o n y : : t e s t s : : t e s t _ s t a t e _ s e t _ i n t e r s e c t i o n   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : p h y l o g e n y _ p a r s i m o n y : : t e s t s : : t e s t _ s t a t e _ s e t _ u n i o n   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : p h y l o g e n y _ p a r s i m o n y : : t e s t s : : t e s t _ t r a n s i t i o n _ c o s t   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : s t _ j u d e _ b r i d g e : : t e s t s : : t e s t _ a l i g n m e n t _ c o n v e r s i o n   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : s t _ j u d e _ b r i d g e : : t e s t s : : t e s t _ b r i d g e _ e m p t y _ s e q u e n c e _ v a l i d a t i o n   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : s t _ j u d e _ b r i d g e : : t e s t s : : t e s t _ b r i d g e _ p r o t e i n _ t o _ s t _ j u d e   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : s t _ j u d e _ b r i d g e : : t e s t s : : t e s t _ b r i d g e _ r o u n d t r i p _ c o n v e r s i o n   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : s t _ j u d e _ b r i d g e : : t e s t s : : t e s t _ b r i d g e _ s t _ j u d e _ t o _ p r o t e i n   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : s t _ j u d e _ b r i d g e : : t e s t s : : t e s t _ c l i n i c a l _ f l a g s   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : s t _ j u d e _ b r i d g e : : t e s t s : : t e s t _ m e t a d a t a _ p r e s e r v a t i o n   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : s t _ j u d e _ b r i d g e : : t e s t s : : t e s t _ p a r s i m o n y _ s t a t e _ c r e a t i o n   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : s t _ j u d e _ b r i d g e : : t e s t s : : t e s t _ s e q _ r e c o r d _ t o _ s t _ j u d e   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : s t _ j u d e _ b r i d g e : : t e s t s : : t e s t _ s t _ j u d e _ a m i n o _ a c i d _ c o n v e r s i o n   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : s t _ j u d e _ b r i d g e : : t e s t s : : t e s t _ t a x o n o m y _ i d _ d e f a u l t s   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : s t _ j u d e _ b r i d g e : : t e s t s : : t e s t _ t h r e e _ l e t t e r _ c o d e s   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : t r e e _ r e f i n e m e n t : : t e s t s : : t e s t _ n n i _ r e f i n e m e n t   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : t r e e _ r e f i n e m e n t : : t e s t s : : t e s t _ s p r _ r e f i n e m e n t   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : t r e e _ r e f i n e m e n t : : t e s t s : : t e s t _ t r e e _ o p t i m i z e r   . . .   o k 
 
 t e s t   p r o t e i n : : t e s t s : : t e s t _ a m i n o _ a c i d _ f r o m _ c o d e   . . .   o k 
 
 t e s t   p r o t e i n : : t e s t s : : t e s t _ a m i n o _ a c i d _ t o _ c o d e   . . .   o k 
 
 t e s t   p r o t e i n : : t e s t s : : t e s t _ p r o t e i n _ c r e a t i o n   . . .   o k 
 
 t e s t   p r o t e i n : : t e s t s : : t e s t _ p r o t e i n _ w i t h _ m e t a d a t a   . . .   o k 
 
 t e s t   s c o r i n g : : t e s t s : : t e s t _ a f f i n e _ p e n a l t y   . . .   o k 
 
 t e s t   s c o r i n g : : t e s t s : : t e s t _ b l o s u m 4 5 _ m a t r i x   . . .   o k 
 
 t e s t   s c o r i n g : : t e s t s : : t e s t _ b l o s u m 8 0 _ m a t r i x   . . .   o k 
 
 t e s t   s c o r i n g : : t e s t s : : t e s t _ i n v a l i d _ p e n a l t y   . . .   o k 
 
 t e s t   s c o r i n g : : t e s t s : : t e s t _ m a t r i x _ s y m m e t r y _ b l o s u m 4 5   . . .   o k 
 
 t e s t   s c o r i n g : : t e s t s : : t e s t _ m a t r i x _ s y m m e t r y _ p a m 7 0   . . .   o k 
 
 t e s t   s c o r i n g : : t e s t s : : t e s t _ m a t r i x _ t y p e _ d i s p l a y   . . .   o k 
 
 t e s t   s c o r i n g : : t e s t s : : t e s t _ p a m 3 0 _ m a t r i x   . . .   o k 
 
 t e s t   s c o r i n g : : t e s t s : : t e s t _ p a m 7 0 _ m a t r i x   . . .   o k 
 
 t e s t   s c o r i n g : : t e s t s : : t e s t _ s c o r i n g _ m a t r i x   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : g p u : : t e s t s : : t e s t _ d e v i c e _ p r o p e r t i e s _ n a m e _ v a l i d a t e d   . . .   o k 
 
 t e s t   f u t u r e s : : g p u : : t e s t s : : t e s t _ g p u _ d e v i c e _ p r o p e r t i e s _ n o n _ z e r o _ m e m o r y   . . .   o k 
 
 
 
 t e s t   r e s u l t :   o k .   2 4 7   p a s s e d ;   0   f a i l e d ;   0   i g n o r e d ;   0   m e a s u r e d ;   0   f i l t e r e d   o u t ;   f i n i s h e d   i n   0 . 5 0 s 
 
 
 
 